İşgalin ilk günlerinde bazı Rum çeteciler ve Yunan askerler 2 köyü yakmakla suçlanmıştır.Bu işgal 15 Eylül 1922’ye kadar sürmüştür. Tetkik Heyeti Raporu’na göre işgal sırasında Ayvalık çevresinde Rum çeteleri pek çok Türkü öldürmüş ve soymuştur.
Burhaniye’ye bağlı varlık gösteren Ayvalık, 19 Mayıs 1928 tarihinde ilçe olmuştur. İlçede Girit göçmenleri çoğunluğu oluşturmaktadır. Bunların yanında yerli yörükler, Bosna muhacirleri ve Arnavutlar da bulunmaktadır.